Ripley viene recuperata mentre si trova in animazione sospesa nella navicella di salvataggio nello spazio, dopo i fatti del film precedente. Sono passati 57 anni e sulla Terra non c’è più nessuno di quelli che conosceva (anche la figlia è morta nel frattempo). Inoltre, Ripley apprende con sgomento che sul pianeta dove avevano trovato l’alieno si è insediata una colonia umana. Ripley denuncia il pericolo perché sa che là ci sono parecchie uova aliene, ma nessuno le crede. Fino a quando vengono persi i contatti con la colonia. Ripley accetta di tornare là assieme a una pattuglia di soldati. Quello che troveranno sarà terribile....

La scialuppa spaziale di salvataggio dove si trova Ripley, scampata ai mostri alieni alla fine del film precedente, precipita su un pianetaprigione. L’atterraggio di “sfortuna” uccide gli altri sopravvissuti che si trovavano con Ripley, che viene invece salvata e riportata alla vita dal medico del carcere. Mentre attende che un’astronave venga a riprenderla, Ripley si rende conto che la creatura aliena che la perseguita sta cominciando a mietere vittime nella prigione....

Duecento anni dopo essere morta, in un’astronave attrezzata a laboratorio Ellen Ripley viene in qualche modo resuscitata grazie a un esperimento di clonazione. Ma le cose non sono così semplici e in Ripley si sono mescolate caratteristiche aliene. Oltre a ciò, Ripley si rende conto che lo scopo della sua resurrezione è quello di estrapolare la regina aliena che vive dentro di lei. A peggiorare le cose, le creature aliene allevate da scienziati privi di scrupoli scappano e cominciano a uccidere...