L'eruzione di un vulcano sottomarino trancia i cavi di un batiscafo che nelle acque dell'equatore sta svolgendo studi sulle correnti marine. I componenti dell'equipaggio - due uomini e una donna -, dopo aver perso i sensi, si risvegliano a bordo del sommergibile Alpha del comandante McKenzie, diretto verso la sua città che è situata, protetta da una cupola di cristallo, sul fondo del mare. La città sommersa è retta secondo principi di pura democrazia ed ospita i più grandi ingegni della Terra che possono, lì, continuare indisturbati il loro lavoro al servizio della civiltà senza essere ostacolati dagli odi e dalle rivalità politiche delle nazioni. La metropoli sottomarina, da anni, sta sostenendo una dura guerra contro il perfido Malik che vorrebbe impadronirsi dei suoi tesori e delle sue scoperte scientifiche. I due uomini e la donna condivideranno con McKenzie i pericoli e la vittoria di una lunga lotta giunta, ormai, al suo epilogo...