Un sottomarino atomico americano provoca, inavvertitamente, lo scioglimento del ghiaccio in cui Godzilla (nel precedente film) era stato sepolto ed il mostro, risvegliatosi, si dirige nuovamente verso il Giappone per riprendere la sua opera devastatrice. Ma stavolta, Godzilla deve misurarsi contro un avversario di tutto rispetto: King Kong! Il gigantesco scimmione, che gli abitanti delle isole considerano amico in quanto li difende dai mostri del mare - nella fattispecie un polipo gigante -, per una strana combinazione di circostanze (c'è di mezzo un industriale farmaceutico che ha voluto trasferirlo a Tokyo per incrementare con quel po-po' di pubblicità i suoi affari; e c'è di mezzo la prevedibile fuga del gigante, con tanto di rapimento di bella fanciulla), si trova ad incrociare l'altro titano. I due ingaggiano un tremendo duello scorrazzando tra le foreste giapponesi e il Fujiama fino a quando non cadono avvinghiati nel mare. E dal mare ...